建立枢密院后五军都督府如何安排，一直是让朱由检头疼的大事。
这个机构虽然已经腐朽、权力也早就被文官夺取，但是它的存在本身，就是对文官的制衡。
更別说京城的勛贵，大多在里面任职。
朱由检为了不让勛贵离心，就要慎重对待。
之前成立枢密院时，张维贤等人就多方活动，爭取能够保住五军都督府。
朱由检出於安置有功將领的考虑，保留了这个机构，以便把满桂等立下大功的边军將领，方便调到朝廷任职。
同时，因为五军都督府里多有勛贵任职，发出的声音比较大。他打算让五军都督府作为世官和军官的俱乐部，代武將发出声音。
这个任务应该说完成得还可以，一些卫所出身的士子成立的《卫报》，如今就得到了五军都督府的支持。
大明的军事类报刊中，此报当属第一。在所有报纸中也仅在四大报之后，有“第五大报”的称谓——
当然，所谓的“第五大报”有几个，那就不需要细说了。
如今《卫报》在勛贵和武官的支持下，雄心勃勃地想成为四大报之一。
他们打算学习《明报》，用上市筹集资金。
这种现象，是朱由检乐於见到的，所以他打算加强五军都督府，让他们拥有一点实际权力。
不过文官对此，那就不愿意见到了。
因为皇帝不仅要让五军都督府领兵，还透露出让他们执掌都司卫所之意。
否则五军营的士兵从哪里来？各地卫所谁愿意把精兵调过来？
兵部左侍郎秦士文道：
“陛下，兵役动员事务，属於兵部的兵役司。”
“从地方徵调士兵，应该由兵部负责。”
右侍郎熊明遇也说道：
“城外顺天府各地的兵役动员事务，已经划归兵备道和守备区的护军负责。”
“沿海各地的海防区，也在设立护军。”
“陛下让五军都督府从各地徵调士兵赴京，难道要废除此制，重新回归旧制让五军都督府掌管都司卫所？”
五军都督府的勛贵倒是这样想过，但是被文官磋磨了几百年的他们，实在没勇气说出这番话。
否则之前在把卫所军政事务分给护军时，他们就会反对了。
如今木已成舟，他们更爭夺不回来。
朱由检扫了这些勛贵一眼，就知道他们根本不可能扶起来。
对他来说目前最重要的是推行军制改革，而不是帮勛贵和武將爭夺权力。
所以他明確道：
“军政事务归兵部，这是之前就定下的，今后也不会改。”
“秦侍郎和熊侍郎坚持朕制定的原则，应该嘉奖鼓励。
口头表扬了两人一番，朱由检又说道：
“但是除了军政事务之外，其他的卫所的事情，还是要由五军都督府参与。”
“例如世袭军官和世袭军士的袭替、优养、审判等事，都应有五军都督府派人参与，防止他们受到不公待遇。”
“三大营的武將出自五军都督府，更可以说是惯例。”
“兵部要按要求为五军营徵兵，枢密院下达调令调过来。”
这个流程確定，五军都督府的勛贵心中一阵哀嘆，知道五府拥有的权力，仍是以前那些。
枢密院和兵部则是满意，因为他们爭取的权力，被皇帝再次从流程上定下来。
至於五军都督府的將领执掌五军营，他们考虑之后，也並没有多言。
因为诚如皇帝所说，三大营武將出自五军都督府是惯例。
更何况用五军都督府的將领不代表就要用勛贵，像是皇帝从甘肃调来的杨嘉謨，不就以都督僉事身份，担任神机营总兵。
不过即使如此，京营护军使李邦华仍爭取道：
“五军营分设的五营，同样要派护军都尉掌管军政。”
“各营將领和士兵，也需定期轮换。”
“防止像如今的班军一般，说是入京操练，其实是服工役。”
朱由检微微点头，没担心因为轮换次数太多，造成“將不知兵、兵不知將”的局面。
因为在他的设定中，五军营就是和神枢营一样用来凑数的，主要用於壮声势而已。
他们將来主要就是步兵和工兵，用统一的操典训练。
惟有精锐敢战之士才会被招入神机营，以军士身份担任精锐的骑兵、炮兵。
所以他认可道：
“武官五年一任，將领担任同一职位的时间，应该不超过五年。”
“从地方调来的士兵在五军营服役的时间，眾卿有何意见？”
兵部尚书薛凤翔因为两个侍郎受到嘉奖，不得不奋力表现道：
“班军入京操练，以前曾分为春班、秋班两番。”
“如果要长期留下，臣以为可仿照边操，一次戍边五年。”
朱由检闻言眉头一皱，向群臣道：
“各地卫所的班军去边疆服役，一次需要这么长时间吗？”
“留在当地服役的，和远戍边关的有什么区別？”
后勤部长閔梦得道：
“班军赴边远戍