了明军便跪在地上磕头不止，嚎啕大哭。他们是被荷兰人从村寨里掳来修城墙的，已有三个同伴活活累死在工地上，尸首被荷兰人丢进了海里。
朱笑笑站在粮仓门口看着那些跪在地上发抖的番社青壮，对骆养性道：“把他们带到官邸去好生安置，让军医挨个诊治。”又让李若琏派人去把被荷兰人烧毁的番社村寨逐一登记，从缴获的荷兰公司资产中拨出一笔银子用于重建村寨抚恤伤亡。至于那些投靠荷兰人的番社首领，让他们到热兰遮城来当面说明情况，愿意改过的便既往不咎，不愿来的再由官府处置。休整了几日后，朱笑笑在热兰遮城官邸正厅里召集诸将与赶来的南居益，正式宣布在台湾设置府县。
热兰遮城改名安平城，普罗民遮城改名赤跋楼，台湾府治设于安平城，下辖三县，北部设淡水县，中部设台湾县，南部设凤山县，各县委派知县与县丞，暂由福建巡抚衙门代管，待朝廷正式任命后再行交接。另设台湾卫，下辖三个千户所，驻军三千人，由林振海暂任台湾卫指挥使，俞龙渊兼任台湾水师总兵，郑一官任福建水师提督，总理台湾周边海域的巡逻与防务。
南居益听罢，从袖中取出一份早已拟好的名单呈上，上头列了十几个从福建各府县抽调来的干练吏员，有精于屯田的、有熟稔水利的、有擅长与番社交边的，都是他为了当地治理特地挑出来的能吏。朱笑笑接过名单看了一遍，各人履历都很亮眼，便让南居益即刻安排这些人分赴三县到任。
当日下午，安平城广场上聚集了各地赶来的番社头领。大肚仔带着几个番社青壮翻山越岭去各处村寨传话，告诉他们大明天子亲自来了台湾，把红毛夷全赶跑了，请各社头领来共商大事。那些番社头领有些半信半疑，毕竟荷兰人火器犀利，手段狠辣，他们早已吃尽了苦头。
但这种事大肚仔糊弄他们也没好处，便都带着随从来了。广场上摆了数十张长条木桌，桌上铺着干净的花布，摆满了热茶与干果。十三个番社的头领悉数到齐，他们大多穿着手工织造的麻布短衣，头上戴着兽牙与贝壳串成的头饰，面上刺着各不相同的纹饰，每种纹饰都代表一个古老部落的图腾与传承。
他们身后跟着各自村寨的年轻勇士，人人腰间挎着弯刀与吹箭筒，面上的神色既兴奋又忐忑，目光不住地在广场四周那些全副武装的明军士兵身上打转。朱笑笑穿着一身玄色常服，腰间系了一枚团龙玉佩。他坐在上首，示意众人入座，语气和煦道：“乡亲们受苦了，朕此番把这些红毛夷全赶走，从今往后台湾不再是化外之地，朝廷要在这里设县立学，修路架桥，各番社的土地与猎场由官府统一勘界立碑，任何人都不得侵占，各社头领若有难处当场便可提出来，官府都会帮你们解决。”头领们闻言，纷纷交头接耳，面上露出了又惊又喜的神色。一个须发皆白的老头领率先站起身来，他是大武垄社的头人，在番社中辈分最高，方圆数十里的头领都尊他一声玛瑙目，意为智者。他朝朱笑笑鞠了一躬，嗓音苍老：“我们大武垄社有三百多口人，红毛夷来之后烧了半个村子，把青壮全掳去修城堡，到现在还有二十几个年轻人被关在普罗民遮城的地牢里生死不明，恳请皇帝陛下替我们做主，把那些被掳走的族人找回来。”
朱笑笑听罢，当即命人去搜查地牢，随后又与另外几位头领谈了半响，搜查便有结果了。
地牢里果然找出了二十几个被关押的番社青壮，个个饿得骨瘦如柴，身上还带着鞭痕与烙印。
他们被带到广场上时一眼就认出了自家头领与族人，当场便扑过去抱头痛天。
老玛瑙目颤抖着抚摸自己孙子的脸，那孩子如今瘦得皮包骨头，后背上横七竖八全是鞭痕，有几处已化了脓，散发出一股腥臭的气味。朱笑笑命随军医官替这些被解救的青壮清洗伤口，上药包扎，又让南居益从仓库里拨出一批粮食与布匹分发给各番社作为抚恤。经此一事，老玛瑙目带头表示愿由朝廷官员治理，其余头领也纷纷跟从。接下来这段时日，安平城里里外外都忙得不可开交。福建卫所的辅兵们将荷兰人留下的鹿砦与陷坑逐一清除，重新加固沙洲入口的炮台。
台湾本地并不缺石灰石与黏土，东部的山脉里有大量优质石灰石矿藏，南部平原的黏土也极适合烧制水泥。
朱笑笑打算开个工匠局分局，便让南居益从福建调了几个老练的烧窑匠人来，在安平城北面的山脚下选址建窑就地烧制。安平城城墙上被火炮轰出的三处豁口最先修复，辅兵们先将坍塌的碎砖瓦砾清理干净，在豁口两侧打入木桩做模，再将水泥砂浆与碎石混合灌入模中夯实，三日之后拆模，新墙与旧墙浑然一体，比原来的红砖墙还要坚固几分。城头上的十二门重炮全被拆下来重新布置，荷兰人原先把炮位设得太密，一炮命中便容易引发殉爆，戚继光重新规划炮位间距，每两门炮之间至少隔开十丈，炮架底座以水泥浇筑加固，炮口统一对准外海方向。沙洲入口的两座炮台更是加固的重中之重，俞大猷带人在炮台外围加筑了一道半圆形的胸墙，胸墙外侧挖了一丈深的壕沟，沟底布了削尖的木桩，沟沿上又拉了几道铁丝网。
炮台上的重炮全换成了新式线膛炮，射程比